Fongecif accepte mon dossier, employeur envisage de me licencier

Bonjour,

mon employeur a signé l'autorisation d'absence pour ma formation CIF CDI (débute le 5 Septembre) ainsi que rempli et signé le dossier pour demander le financement à Fongecif.
Fongecif a accepté le dossier et m'a envoyé l'accord pour la prise en charge.

Malheureusement, entretemps j'ai reçu la convocation à l'entretien préalable au licenciement au cours duquel j'ai appris qu'ils veulent me sanctionner suite à mes arrêts maladie prolongés qui causent la désorganisation du service.
Je n'ai pas encore reçu la lettre du licenciement (j'aurai 2 mois de préavis).

Mon employeur ne sait pas que Fongecif a accepté le dossier et que je suis admise à la formation.
Vu le contexte quand est-ce que je devrais l'en informer?
J'ai besoin de sa signature sur l'accord Fongecif avant le début de la formation.
Peut-il refuser?

Merci par avance.