Légalité contrat de travail

Bonjour,
J'ai signé un contrat de travail en 2001 avec mon employeur. C'est un CDI et je suis cadre.
Il est stipulé que das celui-ci je dépend hierachiquement d'un directeur général. Le signataire du contrat étant le président de la société.
Depuis 2 ans des changements sont intervenus. Le directeur général est parti et un directeur a été nommé. (anciennement au meme niveau hierarchique que moi). Aucun nouvel organigramme n'est paru. Les relations avec le nouveau directeur sont très tendus.
Aurais je du avoir un avenant à mon contrat de travail pour valider cette nouvelle hierarchie ? Est ce légal de me l'avoir imposé ?
De même si négociation pour rupture conventionelle je souhaite engager, avec qui doit elle se faire ? Le directeur ou le président ?
Merci pour votre réponse.