Arret maladie et trop perçu

Je travaille dans le social sous la convention collective 66. J'ai été embauché le 1 octobre 2007. J'ai été en arrêt maladie du 30 mai 2008 au 6 juin 2008. J'ai envoyé dans les délais mon arrêt de travail à mon employeur et à mon centre de sécu. Durant cette période, mon employeur m'a payé. Comme c'était mon premier arrêt de travail, je n'ai pas fait attention. Aujourd'hui, mon employeur me dit qu'il n'a jamais reçu mon arret de travail et me réclame un trop perçuà lui rembourser avant fin décembre 2008 (la sécu a elle trace de mon arret de travail). Quels sont mes droits? Est ce que ce n'est pas à la sécu de verser la somme à mon employeur puisque de toute façon c'est mon centre de sécu qui aurait du me verser cette somme?
Merci pour vos réponses.
Coordialement
Giulia