Litige solde de tout compte entreprise transport

Bonjour,
Voici ma situation :
J'ai démissionné en août d'une entreprise de transport routier où j'étais chauffeur routier international.
Sur ma dernière fiche de paye (solde de tout compte) j'ai découvert à ma grande surprise que ma patronne a déduit des frais pour prise d'autoroute abusive ainsi que le montant de la formation APTH (matières dangereuses) que j'avais suivie 2 mois plus tôt (et pour laquelle elle cotise bien sur !). Tout cela pour un montant total d déduction de 550 € !
Est-ce légal ?
Après 2 courriers recommandés, toujours pas de réponse de sa part, je souhaite donc me retourner contre elle.
D'autant qu'à mon embauche, elle m'a engagée sur une base qui n'était pas bonne : titulaire d'un Contrat de Formation Professionnelle, j'aurais du être embauché avec 2 ans d'ancienneté, soit avec un coefficient et un salair eplus élevé). Elle n'a pas pris en compte cela et j'étais payé à un coût horaire bien inférieur pendant 2 ans et demi.
Sachant qu'à l'embauche j'ai signé le contrat avec ce coefficient inférieur, pensez-vous que je puisse invoquer ce motif contre elle ?
Das ce cas connaissez-vous la marche à suivre ?
Merci d'avance pour votre aide précieuse.