Remboursement prime pour l'emploi

Bonjour,
les impôts nous réclament le remboursement d'une partie de la prime pour l'emploi sur 2006 et 2007 pour motif que mon amie n'aurait pas travaillé à temps plein ... ?
Elle travaille bien à temps plein et ce depuis de nombreuses années.
Je déclare nos impôts séparemment par internet chaque année.
Je coche bêtement la case qui convient pour travail temps plein.
Le problème viendrait du rapprochement que les impôts font entre nos déclarations et le nombre d'heures travaillées déclarées par l'employeur.
Ma question porte donc sur le calcul de ces heures :
comment est calculé le nombre d'heures travaillées figurant sur la fiche de paye ? quid si absence maladie (cas pour une année) ? Quid des congés payés ? Quid si régime de travail spécifique type modulation ?

Bien entendu, pour les impôts, c'est un problème à voir avec l'employeur, et vice versa ...
Merci pour vos réponses éclairées