Rupture conventionelle ou inaptitude ?

Bonjour
J'ai obtenu à la suite de mon mariage un télétravail moyennant un retour dans les locaux de l'entreprise deux jours par semaine.
Un mois après la mise en place de ce télétravail, j'ai été arreté une première fois 3 semaines pour troubles anxio dépressif suite au stress et la fatigue engendrée par ces trajets hebdomadaires (Roanne-Paris). Le 5 janvier 2009, j'ai repris mon activité à mon domicile avec difficulté, le mercredi 7 je suis retournée dans les locaux de l'entreprise où j'ai rapidemant déclenché des manifestations d'angoisse.
Je suis donc de nouveau en arrêt depuis le 10 janvier.

Le psychiatre qui me suit m'a parlé de mise en inaptitude et l'inspection du travail que j'ai consulté évoque la possibilité d'une rupture conventionnelle de contrat.
Quelle est la solution la plus "avantageuse" compte tenu du fait que j'ai 16 ans d'ancienneté? Y a t-il d'autre solution pour que je puisse quitter l'entreprise tout en étant indemnisé par les assedic le temps de retrouver un job dans ma région ?