Auto entrepreneur mais pas pour l'urssaf

Bonjour,
Je suis inscrit comme auto entrepreneur depuis avril 2009. Il m'est impossible depuis ce jour de faire des déclarations de revenu. Je suis donc allé à l'URSSAF pour régulariser ma situation. Ils regardent mon dossier et me disent qu'à leurs yeux je ne suis pas AE mais travailleur indépendant. La raison est que comme je bénéficie de l'ACCRE, cela pose un problème car avant mai 2009 ils ont oublié de stipuler que l'auto entrepreneur pouvait bénéficier de l'ACCRE. Je vais donc pendant 3 ans (durée de l'ACCRE) être pour eux un travailleur indépendant et je pense en plus être soumis aux impôts (alors qu'avec le statut d'AE je n'aurais payé que 1% de mon CA).
Cela n'est pas juste car sans me prévenir, je n'est plus le statut pour lequel j'avais opté.
Ceci est vraiment légal ?
Merci pour votre réponse.