Récupération du code source de mon site web

Bonjour,
Début 2009, j'ai payé un développeur pour la création d'un site de e-commerce (petites annonces payantes). Le site n'a pas du tout été optimisé pour le référencement naturel (aujourd'hui le site est invisible alors que la version 1 réalisée en html basic par une non professionnelle (moi !) sortait parfaitement bien).
Je souhaiterais donc récupérer le code source du site et pouvoir travailler avec un référenceur pour qu'il refasse le travail correctement.
J'ai proposé au developpeur du site de signer un contrat, m'engageant à ce que son logiciel ne soit pas exploité mais il refuse. Il me demande de demander un audit à un référenceur et que lui, fera le travail selon l'audit... et je dois donc payer 2 fois...

Je ne comprends pas bien les termes du contrat nous liant.
D'un côté, il est précisé que le développeur a cédé "au propriétaire de l'application, la pleine propriété de l'ensemble des droits de propriété intellectuelle de nature patrimoniale qui y sont attachés"...."Ces droits portent sur les logiciels dans leur version éxécutable comme dans leur version source".

De l'autre, en cas de résiliation de contrat notamment, je suis soumise à une obligation de confidentialité pendant 3 ans (??)

Quelqu'un pourrait il me dire si je suis en droit de récupérer le code source de mon site internet. Quel recours pour ne pas avoir un site qui végète ?

Merci par avance pour vos réponses rapides... Je me tiens à disposition pour plus de détails sur mon contrat