Répartition de biens immobiliers

Bonjour,
Durant les 19 ans passés avec mon compagnon nous avons acquis un appartement que nous avons mis en location, j'ai également hérité de la moitié d'une propriété (avec une maison que je voudrais habiter + 1 autre plus petite maison et du jardin) et racheté l'autre moitié à mon frère. Officiellement je suis seule propriétaire de ces 2 biens alors qu'en réalité mon compagnon en a payé la moitié (moitié de l'appartement et la moitié de mon frère pour la propriété). Aujourd'hui nous allons nous séparer (nous ne sommes pas mariés et nous avons une fille) et je voudrais (et lui aussi) que ce qu'il a officieusement payé lui revienne. Comment faire pour que la moitié de la propriété (qui ne comporte qu'une seule parcelle que l'on peut peut-être diviser pour délimiter sa part) soit à son nom ainsi que la moitié de l'appartement mis en location depuis mai 2011 ?
Il me parle de SCI mais est ce le meilleur moyen pour payer le moins de frais possible ? Dois je lui vendre la moitié mais alors il va y avoir énormément de frais de notaire et d'impôt ?
Que me conseillez vous pour ne pas me faire léser ?
Merci pour votre réponse.