Maladie et période d'essai

Bonjour
j'ai travaillé un mois (fin du cdd le 17 juillet 2008) pour le CNAM de vannes.
Suite à ce contrat, un CDI avec une période d'essai de 2 mois prolongeable d'un mois m'a été proposée à compter du 25 aout, contrat que j'ai signé aussitôt.
Le 20 aout j'ai été hospitalisée pour une suspicion de maladie de crohn et suis en arrêt jusqu'au 5 octobre pour continuer mes examens et suivre un traitement adapté.
Ce qui fait que je n'ai pas repris le travail au grand mécontentement de mon employeur. Il semblerait qu'il ait l'intention de me licencier mais je n'en ai que les échos des collègues.
A t'il le droit de mettre fin à mon contrat de travail?
MERCI POUR VOTRE AIDE
Isabelle