Sanction employeur.est-ce legal???

Bonjour,
Je suis salariée en cdi dans mon entreprise depuis fevrier 2009.
Depuis janvier 2010 par le biais de mon employeur je suis en formation (diplomante). Alternance centre de formation / lieu de stage (je retourne à mon poste en faite)
L'un des point du reglement indique que au délà de 15 jours d'abscences la formation pourra etre arreter par mon employeur.
Malheureusement pour moi j'ai eut de nombreux problemes de santé cette année.
J'ai du subir 2 intervention chiurgicale une cet été (abscence environ 15 jours) et une deuxieme fois la semaine derniere je reprend lundi (abscence environ 10 jours).
Je précise que j'ai été reglo: j'ai prevenu des dates d'intervention envoi des bulletins d'hospitalisation arrets maladie dans les 48h appels telephonique informant de l'evolution de mon étét de sans afin de prevenir de mon retour etc...
A mon retour de l'hopital vendredi dernier je reçois un courrier d'avertissement me repprochant mes abscences m'indiquant qu'ils m'autorisais malgrés tout à poursuivre la formation mais mais qu j'aurais une pénalité.
Ce qui me pose un réelle probléme ce n'est pas temps cette lettre (même si c'est dégeulasse de leur part désolé je n'ai pas d'autre mot!!!) C'est qu'il m'ont enlevé 2 point sur ma moyenne de ce stage à cause de mon abscence.
Est-ce légal cette formation est diplomante et cette note compte pour l'examen final. Certe j'ai été abscente mais ce n'est pas un manque d'assiduité , j'ai été trés malade. Ces opération ne pouvait pas etre repousser!!!
Dans l'attente d'un retour de votre part.