Paiement indemnités congés payés et fins de mission

Bonjour,
Je travaille au service Paie d'une société de travail temporaire. Notre direction vient de faire circuler une note demandant aux agences d'inciter les intérimaires à demander le paiement de leurs Indemnités de Congés Payés et Indemnités de Fin de Mission une fois par an et non à l'issue de chaque contrat de mission. Je voudrais m'assurer que lorsque les articles L1251-32 et L1251-19 du Code du Travail font appel à la notion de mission, il faut bien comprendre contrat de mission (un contrat avec éventuel avenant) et non mission au sens large pouvant éventuellement comprendre plusieurs contrats successifs. Je voudrais également savoir, si mon interprétation est exacte, sous quelle forme je peux m'opposer à une telle directive. Merci d'avance pour votre aide,
Cordialement,