Entretien préalable durant l'arrêt maladie

Bonjour,
Mon employeur m'adresse une lettre recommandée en date du 29 Avril 2010, avis déposé par le facteur le 05 mai et retirée de 06 mai à la poste. Dans cette lettre il dit :"votre dernier arrêt de travail a pris fin le 22 mars 2010. Depuis cette date vous n'avez pas repris votre poste, sans justifier votre absence. Vous vous trouvez donc en absence injustifiée. La présente vaut donc aussi mise en demeure de reprendre votre poste."
Alors que le 02 mai 2010 j'étais hospitalisé jusqu'au 04 mai inclu. S'en est suivi un arrêt maladie du 2 mai jusqu'au 30 mai 2010. L'employeur a effectivement reçu les justificatifs de mon arrêt. Seulement celui-ci a changé d'avis et m'a envoyé le 24 mai une convocation à un entretien préalable pouvant aller jusqu'au licenciement pour le 15 juin 2010. A mon retour dans l'entreprise, le 1er juin, j'ai attendu jusqu'au 7, pour être vu par la médecine du travail qui m'a déclaré temporairement inapte et m'a adressé à mon médecin.
Ma question : l'employeur qui adresse une mise en demeure à un salarié pour reprendre son poste, alors que le salarié se trouvait hospitalisé et en arrêt maladie. L'employeur peut-il revenir sur sa mise en demeure et lancer une procédure de licenciement ?
Sachant que je suis délégué, le ministre a autorisé mon licenciement sans observer si les détails de la procédure ont été respectés. Mon affaire est actuellement devant le tribunal administratif. Puis-je évoquer un vice de procédure ?
Merci pour votre avis