Remboursement abonnement sncf en note de frais

Je suis cadre classification groupe F seuil 1.
J'ai eu un avenant à mon contrat travail le 2 mai 2006 stipulant : "Un montant forfaitaire mensuel lui sera attribué pour couvrir les frais professionnels engagés directement dans l'intérêt du service et de ses tâches (100% du parking + 50% de l'abonnement SNCF)".
En effet, j'habite en Touraine et je travaille sur Paris. J'ai donc un abonnement TGV et j'ai négocié que 50% de cet abonnement me soit payé. Jusqu'à quelques mois, il m'était payé directement sur mon bulletin de paie en indemnité transport.
Depuis Novembre 2007, j'ai négocié l'obtention d'une voiture de fonction. A partir de là, on ne me paye plus l'indemnité transport car apparait l'avantage en nature voiture sur mon bulletin de paye. Je comprends évidemment qu'on ne puisse pas avoir les deux sur le bulletin de paye. Toutefois, sur conseil et accord de mon responsable hiérarchique, on m'a dit de mettre l'indemnité transport en note de frais (toujours à hauteur de 50%) pour qu'il me soit remboursé. Malheureusement, mon directeur financier refuse pretextant qu'il ne peut rembourser en note de frais ce coût transport alors que j'ai une voiture de fonction.
Je tiens à préciser qu'il n'a jamais été question de me retirer ce remboursement SNCF qui avait été négocié suite à l'obtention d'un nouveau poste (et donc mis dans mon contrat de travail) lors des discussions autour de ma voiture de fonction (qui a également été négocié à la place d'une augmentation suite à une nouvelle promotion).
Je souhaiterais savoir tout d'abord si il est vrai qu'il n'est pas possible de me rembourser l'abonnement en note de frais ? Mon directeur financier prétexte qu'il n'a pas le droit juridictement parlant.

Merci d'avance pour votre aide,
Cordialement,
Paul-Emile BELLALOUM