Reprise de l'ancienneté : à quoi ça sert ?

Bonjour,
J'ai passé mon stage de fin d'étude dans une SSII de février à septembre 2010, et au cours de ce stage, j'ai signé un CDI dans cette même entreprise, qui a démarré au 1er octobre.
Sur mon contrat de travail, il est écrit : "Votre ancienneté sera reprise au 1er février 2010, suite à votre stage".
A ce moment là, je ne savais pas vraiment ce que représentait cette ancienneté.
Depuis, au fur et à mesure, je découvre à quoi cette ancienneté me donne accès... ou pas.

J'ai été arrêté par mon médecin 3 jours, dont 1 seul jour ouvré. J'ai appris par mon employeur qu'ayant plus d'1 an d'ancienneté, le jour de carence était pris en charge par l'entreprise. Donc, bon point !

J'ai voulu participer à un plan d'actionnariat de l'entreprise en novembre, cela m'a été refusé, car il fallait 3 mois d'ancienneté. J'ai rétorqué à la personne responsable que j'avais ces 3 mois, puisque mon ancienneté était reprise, j'ai eu droit en réponse à un vague "oui, mais ça ne compte pas".

Et maintenant, la question que je me pose concerne les congés. Si j'ai bien compris ce qui m'a été expliqué par mon entreprise, entre octobre 2010 et mai 2011, les congés que j'ai pris sont pris en anticipation sur ceux de juin 2011 à mai 2012, que j'aurais acquis entre octobre 2010 et mai 2011 (donc, au prorata, 17 jours de congés payés, et 3 jours de RTT).
Ma question est : arrivé au 1er juin 2011, vais-je débloquer effectivement 17j de congés payés, ou l'intégralité des 25 jours? Dans la mesure où "mon ancienneté est reprise", je me pose la question.
Le cas échéant, à quoi me sert exactement d'avoir vu mon ancienneté reprise? Juste pour la retraite ?

Merci pour votre aide.